ambertools分析自由能

3.给Amber和AmberTools减压。4.修补Amber11和AmberTools，用Gromacs模拟蛋白质和小分子本文主要参考Gromacs的官方课程，关于琥珀的部分主要参考前厅和acpype，最重要的是用Gromacs模拟蛋白质和小分子，生成小分子的力场文件。
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1、amber要卸载再安装吗卸载安装。具体安装方法:1 。从英特尔官方网站下载非商业版本。当前版本是2011年6月233日。同时，您将获得一个非商业许可证(oneyeaavailable)，该许可证将发送到您申请时填写的电子邮件中) 。2.解压，进入解压后的目录并安装。3.给Amber和AmberTools减压。4.修补Amber11和AmberTools 。

2、用Gromacs对蛋白与小分子进行模拟本文主要是指Gromacs的官方课程，关于琥珀的部分主要是指前厅和acpype用Gromacs模拟蛋白质和小分子。最重要的是生成小分子的力场文件。因为Gromacs本身无法生成小分子的力场参数文件，所以需要第三方工具。官方教程列举了很多方法，主要推荐cgenff 。首先准备小分子的mol2档，氢原子必须全部加入(pymol可以直接生成) 。

然后把准备好的mol2文件上传到cgenff网站生成str文件。最后，str文件被by cgenff _ charmm2gmx.py转换成gromacs的力场文件注意，这个python脚本必须使用python2并安装networkx库。生成的文件有jz4.prm、jz4.itp和jz4_ini.pdb，然后用gromacs的editconf把jz4_ini.pdb转换成jz4_ini.gro 。

3、请教使用Ambertools处理ligand的问题1 。ISO下载是不完整的，所以无论你用什么方式下载，你都必须检查md5代码。2.刻录机的刻录质量不好或者刻录盘的质量有问题，所以端烧应该小于24x 。3.安装时使用的光驱读盘性能有问题。有朋友从我这里分享了一张ghostxp_sp2电脑公司特别版5.1的光盘，用了几次都很方便。
4、linux下怎么安装 ambertools安装在linux系统下。如果在win8下，安装虚拟机有两种方式，另一种方式是安装cygwin ，在cygwin下编译，Linux是自由免费使用和传播的类Unix操作系统。它是一个基于POSIX和UNIX的多用户、多任务、多线程和多CPU操作系统。