go kegg 富集分析,GOKEGG富集分析可视化软件

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1、转录组文章|2019《EnvironmentInternational》水稻---四溴联苯...多溴二苯醚被认为是一种新的普遍存在的持久性有机污染物，通常被用作聚合物泡沫、建筑材料、塑料、电子产品和家具的阻燃剂。其中，BDE47是环境中检测到的最常见的多溴二苯醚之一，因为它分布广泛、亲脂性高、半衰期长。2，2 ，4，4 四溴二苯醚(BDE47)是一种主要的多溴二苯醚(PBDE) 。累积研究表明，BDE47可以诱导动物和人类细胞的代谢反应，改变相关基因的表达。

2，2 ，4，4 四溴二苯醚(BDE47)是一种主要的多溴二苯醚(PBDE)，因其对环境的影响而受到广泛关注。本研究利用代谢组学和转录组学的方法，对耐BDE47的两个水稻品种连粳7号(LJ7)和对BDE47 分析敏感的尤勇9号(YY9)进行了研究，以探讨它们对BDE47不同耐性的分子机制。研究发现:3 .代谢途径和Kegg富集-2/表明，BDE47抑制了这两个水稻品种的能量消耗和生物合成等许多生物过程。

2、GO和KEGG 富集倍数(FoldEnrichment前面我们简单介绍了ggplot2绘制KEGG 富集柱形图。其实GO 富集结果的显示比KEGG要复杂一点，因为GO还可以进一步分为三类。BP:生物过程，生物学过程。MF:分子功能，分子功能。CC:细胞成分，细胞成分。所以在画图的时候，我们需要区分这三类。

我们用富集分析的结果表来解释一下这三张图中横坐标的具体含义。首先，我们来看看这个表中每一列的含义。这个表中没有提到富集 foldenrichment，所以我们很容易理解上面三张图的横坐标，即Count、GeneRatio和foldenrichment 。