htseq 分析 - 经验交流

【转录组】基因量化分析featureCounts的使用在转录组中，Htseqcount和featureCounts是使用最多的软件，其中htseqcount比较慢， featureCounts最大的特点是快。RNA-seq 分析软件“海底捞”-RNACkTail是一款集成软件，开发人员调查了RNACEQ 分析的所有主要步骤，并评估了分析的工具组合在不同步骤下的准确性、效率和一致性，本文提出了一个全面的RNAseq 分析流程手册“海底捞”，即在转录组的分析范围内，你可以用RNACocktail组合不同的分析工具，一步完成流程。

1、转录组入门(7原来三个样本的HTSeqcount的数据可以在我的GitHub中找到，但是前面提到过，Jimmy的错误让我们分析只剩下三个样本，另一个样本需要从另一批数据中获取(请注意batcheffect)，所以不能保证每组都有两个副本。我一直相信“你不是一个人”这句话，遇到这种情况的肯定不止我一个，所以我找了几个解决方法，后面会介绍，但是我们DESeq2要有重复的问题急需解决，所以我得自己补。

我这样编的。这只是一种填坑的方法。更好的模拟数据的方法需要参考更专业的文献，希望在有生之年补上这部分。这部分内容最早是在RNASeqDataAnalysis的8.5.3节看到的，刚开始没看懂，但是学了生物统计学之后觉得是理解所有差异基因表达分析R包的关键。

2、转录组定量工具-featureCounts安装及使用可以使用StringTie、Htseqcount或featureCount来计算表达式。当你第一次做转录组分析的时候，你在《细胞》的一个子出版物中参考了分析的方法。it Feature Count里面用的软件是直接用的，其他什么都没用。回头看看。FeatureCount是subread包中的一个命令，所以只需安装subread即可。

FeatureCounts有两个核心概念:特征是指基因组区间的最小单位，如外显子；元特征:可以看作是由许多特征组成的区间，比如属于同一基因的外显子的组合。量化时，支持单特征量化(外显子量化)和元特征量化(基因量化) 。

3、RNA-seq 分析软件“海底捞“--RNACocktailRNACocktail是一个集成软件。开发人员调查了RNAseq 分析的所有主要步骤，并评估了分析工具组合在不同步骤下的准确性、效率和一致性。本文提出了一个全面的RNAseq 分析流程手册“海底捞”，即在转录组的分析范围内，你可以用RNACocktail组合不同的分析工具，一步完成流程。RNACocktail本质上是一个“调度”软件，可以检索你所在区域的所有转录组分析工具。因此，这些分析工具需要提前安装在本地，不建议使用conda安装RNACocktail，否则在分析的过程中，需要指定每个转录组分析软件或您的所有转录组分析软件安装在与RNACocktail相同的环境中。
4、【转录组】基因定量分析featureCounts的使用【htseq 分析】 Htseqcount和featureCounts是转录组基因计数时最常用的软件，其中htseqcount比较慢， featureCounts最大的特点是快。解压后就可以用了，可执行程序在bin目录下， FeatureCounts有很多参数，但是我们一般只需要使用常用的参数。