pangenome分析软件 - 经验交流

Fastp是比较新的软件。使用它时，可以使用adapter _ sequence/adapter _ sequence _ R2参数传入联合序列，也可以将这两个参数留空，软件会自动识别接头并切割，HiC data分析zhi-HiC-Pro软件安装:主要编辑系统文件:prefix/gpfs 02/home/jingjing/software/hicpromasterbowtie 2 _ PATH/gpfs 01/software/bio/bowtie 22 . 2 . 4 samtools _ PATH/gpfs 01/software/bio/samtools 1.7r _ PATH/gpfs 02/software/general/r 3 . 5 . 0/binPYTHON _ PATH ~/miniconda 2优点:1，并行化是在处理比较结果的时候加入的，实际上是一个复制的概念，就是把比较结果分割，多核处理。

1、2021-01-27林木全基因组关联分析(GWAS1 。林木的目标改良性状多为数量性状，在全基因组水平上由多个基因位点共同控制。它们的遗传变异效应可分为基因的加性和显性效应、基因的上位性效应和基因环境的互作效应。以前应用基于家系群体的数量性状基因座作图分析方法，在林木复杂性状的遗传分析方面取得了显著进展。2.然而，由于大部分树系作图是基于低代杂种群体如F1、F2或BC1，遗传变异丰富度低，染色体重组事件有限。

3.基于自然群体或种质资源的关联遗传策略为分析数量性状的遗传基础提供了新的途径。4.关联分析，又称连锁不平衡(LD)作图，可以直接利用自然群体中丰富的表型和基因组变异来确定控制数量性状的目标基因。特别是多年生森林类群在适应复杂多变的自然环境过程中产生了丰富的表型变异和DNA序列变异，是研究相关作图的理想材料。

2、HiC数据分析之-HiC-Pro 软件安装:主要编辑系统文件:prefix/gpfs 02/home/jingjing/software/hic promaster bow tie 2 _ path/gpfs 01/software/Bio/bow tie 22 . 2 . 4 samtools _ path/gpfs 01/software/Bio/samtools 1.7r _ path/gpfs 02/software/general/r 3 . 5.0/bin python _ path ~/miniconda 2/bin/cluster _ sys LSF安装:makeconfiguremakeinstall/安装优点:1 。并行化是在处理比较结果的时候加入的，实际上是一个复制的概念，就是把比较结果分割，多核处理。
【pangenome分析软件】
3、ATAC-seq专题---生信分析流程ATACseq information分析该过程主要分为以下几个部分:数据质量控制、序列比较、峰检测、motif 分析、峰注释、富集分析，下面将对各部分的内容进行说明。对板外数据进行过滤以移除过多或低质量的读?。?并为后续分析获取干净读取。常见的trim 软件包括Trimmomatic、Skewer、fastp等。Fastp是比较新的软件。使用它时，可以使用adapter _ sequence/adapter _ sequence _ R2参数传入联合序列，也可以将这两个参数留空。软件会自动识别接头并切割。

4、用k-mer 分析进行基因组调查:(一(全文:5058字) 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合水母 GenomeScope1.0调查二倍体物种的基因组，用组合KMC GenomeScope2.0调查多倍体物种的基因组，Genomesurvey是指对基因组特征的评估，一般是指通过kmer 分析获得基因组信息如基因组大小、杂合度、重复序列比例、GC含量等的手段
一般来说，基因组越大，重复序列的比例越高；GC含量异常偏低或偏高，重复序列比例会高；多倍体基因组的杂合度高于二倍体基因组。判断基因组的复杂程度，可以参考以下经验标准:kmer 分析可以用于生物信息学的很多方面，本博客的kmer 分析特指基因组调查中使用的kmer 分析方法。图1.kmer示例，图片来源:分析应用的前提是测序的读数随机分布在基因组中。