【ballgown差异分析】step 7-ballgown的相关参数转自转录组差异Expression分析工具球衣的输入文件|Biochen Biological Ballgone，StringTie使用参数B直接生成Ballgone的输入文件，袖扣的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgone的输入文件 。

1、edgeR的一些小九九基本上RNASeq等各种测序方法都需要计算差异表达式 。通常常用的软件无非就是袖扣和几个R包DESeq，EBSeq，edgeR ， ballgown 。值得一提的是，目前大多数软件和R包都需要生物复制才能精确计算差异表达式 。目前只知道edgeR可以计算差异表达式没有生物复制 。
2、Stringtie的使用本文用于个人学习 ， 全部摘自StringTie的说明书中文翻译 。Stringtie使用说明参考链接:Stringtie中译本基本用法:Stringtie总体来说 ， HISAT使用了BWA和Bowtie的算法，同时解决了mRNA没有内含子的问题 ， 比上一代主流的RNAseq比对工具快50倍 ， 需要的内存更少 。

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