hisat2 结果分析 - 经验交流

我们先来看看这些工具:一、AlignmentRNAseq的readsmapping需要考虑剪切比较，使用了tophat2、star和Hisat2这三个目前最常用的比较工具。加速，链(15个样本，39个样本分析工具，120种装订方式，490次分析) 。

1、转录组分析(7【hisat2 结果分析】作图是通过局部比较在参考基因组上定位短读，以备后用分析。序列比对的过程包括:首先对参考基因组进行索引，索引完成后，通过比对软件将cleandata与参考基因组进行比对，得到sam文件，通过samtoolsview将SAM文件转换为bam文件，并对bam文件进行排序，得到排序后的bam文件。

2、accep.Chain(15个样本，39个工具， 120种绑定方式，490次的结果分析。对于每个工具，作者都描述了其性能并进行了巨大的比较分析在第二个基础上，作者构建了一个全面的RNAsequence Analyst协议，即RNACocktail，其中包含了这些工具，并免费提供给其他人下载使用，以帮助研究人员更好地开展生物学分析。具体过程如下:原图清晰，上传时会模糊。想看清楚图，请参考原文档！

好了，这些工具都在答题卡上。来看看文献都说过什么吧！RNAseq 分析追求三个目标:准确、便宜、省时，这也是生物信息学软件的目标！我们先来看看这些工具:一、AlignmentRNAseq的readsmapping需要考虑剪切比较，使用了tophat2、star和Hisat2这三个目前最常用的比较工具。

3、获取Uniquereads在NGS数据中，Uniquereads是指只能映射到一个位置的读取。要判断一次读取是否是唯一的，您需要查看SAM文件的optional字段。optionalfields的格式为TAG:TYPE:VALUE，位于SAM文件的第12列。多个可选字段由空格分隔。与uniqueread相关的主要标签是“NH”，表示一个read附着在基因组上多少个位置，数据类型是I，即整数，所以NH:i:1表示这个read只附着在基因组上的一个位置。

4、无参转录组分析:使用Trinity进行转录本拼接(参考脚本1，参考脚本:nohup/home/zxd/software/trinitrnaseqtrinityv 2 . 4 . 0/trinityeqtypefqmax _ memory 4 gcpu 1 samples _ > trinity . log 2 > trinity . err