bowTie分析 - 经验交流

HAZOP的主要目的是设计和审查设备的安全性和可操作性。HAZOP 分析生产管理、技术、安全、设备、电气、仪表、环保、经济等方面的专家，开展联合研究；HiC data 分析 -HiC-Pro软件安装:主要编辑系统文件:prefix/gpfs 02/home/jingjing/software/hicpromasterbowtie 2 _ PATH/gpfs 01/software/bio/bowtie 22 . 2 . 4 samtools _ PATH/gpfs 01/software/bio/samtools 1.7r _ PATH/gpfs 02/software/general/r 3 . 5 . 0/bin python _ PATH ~/miniconda 2/bin/CLUSTER _ sys LSF安装:使用make优点:1，并行化是在处理比较结果的时候加入的，实际上是一个复制的概念，就是把比较结果分割，多核处理。

1、Hi-C技术的初步了解在最近的一次小组会上，在实验室同学汇报的结果中看到了HiC图片，于是悄悄了解了一下HiC技术的原理。整理一下。答:高通量染色体构象捕获答:HIC以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术研究整个染色质DNA在整个基因组中的空间关系，捕获不同基因位点之间的空间相互作用信息。

2、使用SnapATAC 分析单细胞ATAC-seq数据(一snapa tac(singlenuclesanalyspine for ATACseq)是一个R包，可以快速、准确、全面分析单细胞ATACseq数据，可用于常规数据降维、聚类和批量校正分析，识别远程调控元件并预测其调控的目标基因，调用chromVAR软件进行motif 分析，同时整合

3、甲基化测序分析Establish index Bismark _ genome _ preparation bow tie 2/verbose index/Compare Bismark bow tie 2 n0l 20 quiet unambiguousanmnucleotide _ coverage genome index/Sam tools _ path/gpfs 03/home/jingjing/software/Sam tools 1.9/osrr 1../fastq/SRR . 1 _ 1 . fastq . gz2 ./fastq/SRR . 1 _ 2.fastq.gz重复数据删除_ bismarksamtools _ path/gpfs 03/home 。晶晶/软件/Sam tools 1.9/PSRR . 1 _ 1 _ Bismark _ BT2 _ PE 。SamOutput _ Dirdedup提取甲基化信息Bismark _ methyl ization _ Extractor comprehensive no _ Overlapped graphic counts buffer _ Size 200可移植性。

4、如何进行Hazop 分析HAZOP 分析方法是按照科学的程序和方法，预先识别、分析并评价工程项目或生产装置中的潜在危害，识别生产装置的设计、操作和维护程序，提出改进意见和建议，以提高装置工艺流程的安全性和可操作性。HAZOP的主要目的是设计和审查设备的安全性和可操作性。HAZOP 分析生产管理、技术、安全、设备、电气、仪表、环保、经济等方面的专家。开展联合研究；
5、HiC数据分析之-HiC-Pro【bowTie分析】软件安装:主要是编辑系统文件:prefix/gpfs 02/home/jingjing/Software/hicpromaster bow tie 2 _ Path/gpfs 01/Software/Bio/bow tie 22 . 2 . 4 Sam tools _ Path/gpfs 01/Software/Bio/Sam tools 1.7R _ Path/gpfs 02/Software/General/r 3 . 5 . 0/Bin python _ Path ~/miniconda 2/Bin/Cluster _ sys LSF安装:makeconfiguremakeinstall软件使用:其实思路和之前差不多在处理比较结果的时候增加了并行化，其实就是复制的概念，也就是划分比较结果，多核处理。